Ale ešte väčší úspech dosiahla Žilina o dva roky neskôr, keď si vybojovala postup do Ligy majstrov. V úvodnom zápase 2. predkola pritom prišiel šok, keďže Žilina prehrala na pôde maltskej Birkirkary 1:0, ale bola to užitočná facka, keďže neskôr už prehra v predkolách neprišla. V odvete porazili žlto-zelení majstra Malty 3:0. V 3. predkole na nich čakal Litex Loveč, s ktorým uhrali v Bulharsku sľubnú remízu 1:1 a tú doma potvrdili výhrou 3:1. Už vďaka tomu mala Žilina istú minimálne skupinu Európskej ligy. V play-off Ligy majstrov Žilina narazila na Spartu Praha, ktorú zaskočila hneď v úvodnom zápase výhrou 2:0 a v odvete výhrou 1:0 spečatila najväčší klubový úspech, od ktorého v utorok uplynulo päť rokov. Je zaujímavé, že Žilina na svojich postupových cestách do skupín vždy vyradila klub z Česka a Bulharska, ale to sa dnes môže zmeniť.