Aj v druhom madridskom tíme trvalo pomerne dlho, kým mužstvo začalo podávať kvalitné a uspokojujúce výkony a stalo sa postrachom naozaj silných celkov. V roku 1993 mužstvo prebral Argentínčan Rámon Heredia. Po veľmi krátkom pobyte na lavičke tímu ho vymenil Jair Pereira z Brazílie. Ten sa vôbec neosvedčil a Heredia sa dostal naspäť. Ešte stále v roku 1993 tím prebral Španiel Emilio Cruz. Rovnako pestrý bol aj rok 1994. Potom je logické, že priemerný pobyt trénera na lavičke Atlética Madrid za sledované obdobie bude iba pár mesiacov. Až v marci 1995 prebral tím na dlhšiu dobu Radomir Antić. Počas jeho pôsobenie sa Atlético stalo majstrom Španielska a raz vybojovalo aj španielsky pohár. Po Antićovom odchode „odišli“ aj trofeje. Nielenže Atlético nebolo schopné vybojovať pohár, dokonca v roku 2000 vypadlo do Segunda División, čomu v závere sezóny nezabránil ani návrat Srba Antića. Postup naspäť medzi španielsku elitu vybojoval Luis Aragónes v sezóne 2001/02. V ďalšej sezóne vypadnutie vôbec nehrozilo, tím bol dvanásty, ale vedenie si prialo kolosálny návrat a Aragónes skončil. Na ďalší pohár sa čakalo celkom dlho. V októbri 2009 prebral Atlético Madrid Quique Sánchez Flores a hráči vybojovali Pohár UEFA a UEFA Superpohár. To isté zopakovali aj pod vedením Argentínčana Diega Simeoneho, ktorý vedie tím aj v súčasnosti.