V Bayerne bol na odpis. V klube strávil celú mládežnícku kariéru, no prechod medzi seniorov nemal ľahký, pretože v kádri bavorského veľkoklubu nemal veľkú šancu presadiť sa. Putoval na hosťovanie do Dortmundu, kam o pár mesiacov prišiel aj Jurgen Klopp. Okamžite okolo mladého stopéra postavil svoju defenzívnu hru a Hummels sa vypracoval na jedného z najrešpektovanejších stopérov súčasnosti. O jeho služby sa v lete údajne zaujímali veľkokluby ako Manchester United, či Arsenal. Vylúčená nie je ani obnova spolupráce s Kloppom, ak zasadne na lavičku The Reds.