Dánsky stopér si počas kariéry zahral v Nemecku, Turecku, Španielsku, Francúzsku a aktuálne má v Taliansku od leta 2019 už druhého zamestnávateľa. V lete prišiel do Atalanty vyplniť dieru za Martina Škrtela, no v januári 2020 sa presunul do milánskeho AC ako výmena za Caldaru. Jedná sa o hosťovanie do konca sezóny, pričom Kjaer je stále kmeňovým hráčom Sevilly.