FA Cup je pohárom, ktorý patrí v Anglicku medzi najprestížnejšie. Kluby z celej krajiny sa postupne dostávajú do bojov a časom môžu vyzvať kluby z Premier League. Wigan patril rozhodne medzi slabšie tímy v najvyššej súťaži a rok predtým ušiel zostupu o 9 bodov. V sezóne 2012/13 sa ale už zachrániť nedokázal. Počas ligového trápenia zvládol na druhý pokus vyradiť treťoligový Bournemouth 1:0. Ďalej prešiel cez Huddersfield a v Goodison Parku si poradil s Evertonom. V semifinále bol žreb milostivý a Wigan sa vyhol Chelsea aj Manchestru City. Po víťazstve nad Milwallom postúpil do historického finále, v ktorom sa stretol s úradujúcim majstrom – Manchestrom City. Finále rozhodol jediný gól, ktorý strelil hrdina Ben Watson. Keďže Citizens budú hrať Ligu majstrov. Wigan Athletic si zahrá Európsku ligu v skupine s Kazaňou, Mariborom a Zulte Waregemom. To je však pomerne slabá náplasť, ktorá má utíšiť smútok z toho, že minimálne na sezónu zostúpil z Premier League do League Championship.