Rodák z Ráztočna začínal s futbalom v neďalekej Prievidzi, v miestnom FC. Ako to bývalo u mladých slovenských chlapcov zvykom, Martin pendloval medzi hokejom a futbalom, avšak časom prišiel moment, keď sa musel rozhodnúť. Prednosť dostal futbal, čo sa ukázalo byť pre Škrtela výborným rozhodnutím. Po začiatkoch v Prievidzi náš stopér získaval skúsenosti v Trenčíne, ktorý ho však udržal iba do roku 2004, kedy po ňom siahol Zenit Petrohrad. V slovenskej najvyššej súťaži kapitán nášho národného tímu neodohral ani jeden zápas.