Jeho príchod do Bayernu Mníchov v lete 2013 vyvolal vlnu diskusií, no mladý Španiel rýchlo vyvrátil všetky negatívne ohlasy. Thiago ako vysnívaný nákup Pepa Guardiolu dobre zapadol do herného systému Bayernu a jeho herné myšlienky neraz pomohli Bavorom k víťazstvu. Mohla to byť dokonalá sezóna, no v máji minulého roka si Alcantara privodil vážne zranenie, ktoré ho vyradilo nielen z vysnených MS v Brazílií, ale aj zo skoro celej práve prebiehajúcej sezóny.